段永基、吴敬琏、刘永好等全国政协委员共同提交了一份建议调整中小企业增值税的提案。段永基指出，真正发挥创新价值的企业中，70%以上都是中小企业，而对中小企业最实在的支持就是税收支持。
根据国务院关于技术创新的扶持政策，企业研发投入可按150%的比例从企业所得税中抵扣。但我国绝大多数中小型科技企业长期处于投入小、资金缺、风险大、利润薄的窘困状况。段永基认为，从企业所得税中抵扣研发费，对这类企业帮助不大，完全起不到鼓励自主创新、增强创新能力的作用，而如果能够改为从企业增值税中抵扣，企业则可得到较大实惠。
我国现行规定，企业消耗的生产资料可作为进项税进行抵扣，但生产设备和劳动工具作为固定资产核算的部分不能抵扣；同时，企业研发费用、技术转让费用，特别是研发人员人力成本及科技咨询费用的投入也不能抵扣进项税额。委员们认为，这种税收政策十分有利于加工贸易企业、高能耗和高资源消耗企业，但十分不利于技术创新型企业。为此，他们建议中小型科技企业的研发成本，一律作为进项成本抵扣。
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