税收管辖权筹划
目前，大多数国家结合行使居民税收管辖权和所得来源地税收管辖权。当两种税收管辖权发生冲突时，通常按照税收协定的规定来解决。
我国税法就中国居民的全球所得以及非居民来源于我国的所得征税，对不同类型的所得，税法对收入来源的判断标准不一。
比如，对销售商品的征税主要取决于商品所有权在何地转移；对劳务的征税则取决于劳务的实际提供地；特许权使用费则通常采用受益人所在地为标准。
然而，由于电子商务的虚拟化、数字化、匿名化、无国界和支付方式电子化等特点，其交易情况大多被转换为“数据流”在网络中传送，使税务机关难以根据传统的税收原则判断交易对象、交易场所、制造商所在地、交货地点、服务提供地、使用地等。随着电子商务的发展，公司容易根据需要选择交易的发生地、劳务提供地、使用地，从而达到税收优化的目的。
企业性质税收筹划
大多数从事电子商务的企业注册地位于各地的高新技术园区，拥有高新技术企业证书，且其营业执照上限定的营业范围并没有明确提及电子商务业务。有些企业营业执照上注明从事系统集成和软件开发销售、出口，但实际上主要从事电子商务业务。这类企业是属于所得税意义上的先进技术企业和出口型企业，还是属于生产制造企业、商业企业还是服务企业，因为判定性质不同，将导致企业享受的税收待遇有所不同。
在所得税上，高新技术企业、生产制造型的外商投资企业可享受减免税优惠；在增值税上，生产制造企业和商业企业在进项税额的抵扣时间上规定不同；服务性企业则适用营业税，且从事电子商务服务的电讯企业与普通企业执行的营业税税率不一，从事电子商务服务的电讯企业按３％税率缴纳营业税，而从事电子商务服务的普通企业则需缴纳５％的营业税。那么，被定性为什么样的企业就成为关键问题。
收入性质税收筹划
电子商务将原先以有形财产形式提供的商品转变为数字形式提供，使得网上商品购销和服务的界限变得模糊。对这种以数字形式提供的数据和信息应视为提供服务所得还是销售商品所得，目前税法还没有明确的规定。
税法对有形商品的销售、劳务的提供和无形资产的使用规定了不同的税收待遇。比如，将电子商务中的有形货物销售收入视为服务收入会直接影响税种的适用和税负的大小。对货物的销售通常适用１７％的增值税，而劳务收入则适用５％的营业税。再如，对来源于中国的特许权使用费收入，须缴纳所得税和营业税，而在境外提供劳务有可能在中国免缴税。那么，纳税人可以通过税收筹划，以享受适当的税收待遇。
常设机构税收筹划
电子商务使得非居民能够通过设在中国服务器上的网址销售货物到境内或提供服务给境内用户。但我国与外国签订的税收协定并未对非居民互联网网址是否构成常设机构等涉及电子商务的问题作出任何规定。
按照协定的有关规定，“专以为本企业进行其他准备性或辅助性活动为目的而设的固定营业场所”不应视为常设机构，相应地，亦无须在中国缴纳企业所得税。
服务器或网站的活动是否属于“准备性或辅助性质”，而不构成税收协定意义上的常设机构，给税收协定的解释和执行提出了新课题。此外，如果固定通过网络服务供应商的基础设施在国内商议和签发定单，该网络服务供应商是属于独立代理人还是已构成常设机构的非独立代理人也不明确。
转让定价税收筹划
由于电子商务改变了公司进行商务活动的方式，原来由人完成的增值活动现在越来越多地依赖于机器和软件来完成。网络传输的快捷使关联企业在对待特定商品和劳务的生产和销售上有更广泛的运作空间。它们可快速地在彼此之间有目的调整成本费用及收入的分摊，制定以谋求整个公司利益最大化的转让定价政策。
同时，由于电子商务信息加密系统、匿名式电子付款工具、无纸化操作及其流动性等特点，使税务机关难以掌握交易双方的具体交易事实，相应地会给税务机关确定合理的关联交易价格和作出税务调整增添了相当的难度。
印花税纳税筹划
电子商务实现了无纸化操作，而且交易双方常常“隐蔽”进行。网上订单是否具有纸基合同的性质和作用，是否需要缴纳印花税，目前也不明确。
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