预缴方法不得随意变更
根据《企业所得税法实施条例》规定，企业依照《企业所得税法》第五十四条规定，分月或者分季预缴企业所得税时，应当按照月度或者季度的实际利润额预缴；按照月度或者季度的实际利润额预缴有困难的，可以按照上一纳税年度应纳税所得额的月度或者季度平均额预缴，或者按照经税务机关认可的其他方法预缴。
其中，纳入当地重点税源管理的企业，原则上应按照实际利润额预缴所得税，体现量能负担原则，最大限度地减少累计预缴税额与年度实际应纳税额之间的差异。一些企业由于生产上存在淡、旺季现象，或者存在生产周期长，各个期间收入不稳定、按照实际利润额预缴有困难等情况，可以按照上一纳税年度应纳税所得额的月度或者季度平均额预缴所得税。
这里需要提醒注意的是，企业的所得税预缴方法一经确定，该纳税年度内不得随意变更。
预缴基数为实际利润额
企业预缴的基数为“实际利润额”，而此前的预缴基数为“利润总额”。
“实际利润额”为按会计制度核算的利润总额减除以前年度待弥补亏损以及不征税收入、免税收入后的余额，即按新规定，允许企业所得税预缴时，不但可以弥补以前年度的亏损，而且允许扣除不征税收入、免税收入。这在一定程度上减轻了企业流动资金的压力，能够更真实地反映企业的应税所得。
不征税收入应作纳税调减处理
收入总额中的不征税收入为“财政拨款＋依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费＋政府性基金＋国务院规定的其他不征税收入”。其中，国务院规定的其他不征税收入是指企业取得的，由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金。对于税法上规定的不征税收入，在会计上可能作为损益计入了当期利润，按照《企业会计准则第18号—— —所得税》的规定，上述财务处理与税收差异不属于暂时性差异，在未来期间无法转回，应该归为永久性差异，在日常所得税预缴或年度所得税汇算清缴时，按照“调表不调账”的原则，企业应作纳税调减处理。
免税收入应视具体情况进行处理
对于免税收入，可能形成永久性差异，也可能是暂时性差异，企业应视具体情况进行分析。
举例某公司去年第三季度会计利润总额为200万元，其中包括国债利息收入20万元，企业所得税税率为25%，上年度未弥补亏损22万元。企业“长期借款”账户记载用于生产经营的借款：年初向中国银行借款100万元，年利率为6%；向B公司借款30万元，年利率为10%.计提固定资产减值损失5万元。不考虑其他纳税调整事项，该公司第三季度预缴所得税的基数为会计利润200万元，扣除上年度亏损22万元以及不征税收入和免税收入20万元后，实际利润额为158万元，应申报缴纳企业所得税39.5万元[（200－22-20）×25%]。
对于其他永久性差异长期借款利息超支的12万元[30×（10%－6%）]和暂时性差异（资产减值损失5万元），季度预缴时不作纳税调整。
小型微利企业预缴可直接适用优惠税率
符合条件的小型微利企业，减按20%的税率征收企业所得税。为扶持小型企业的发展，国税函[2008]251号文明确小型微利企业在预缴环节就可以直接享受税收优惠，即企业按当年实际利润预缴所得税，如上年度符合规定的小型微利企业条件的，在本年度《企业所得税纳税申报表》填写“实际利润额”与5%的乘积，暂填入第7行“减免所得税额”内。
企业在当年首次预缴企业所得税时，须向主管税务机关提供企业上年度符合小型微利企业条件的相关证明材料。企业当年有关指标不符合小型微利企业条件、但已计算减免所得税额的，在年度汇算清缴时要补缴减免所得税额。
需要提醒注意的是，小型微利企业待遇，适用于具备建账核算自身应纳税所得额条件的企业，执行核定征收办法缴纳企业所得税的企业，在不具备准确核算应纳税所得额条件前，暂不适用小型微利企业适用税率。
注意汇率换算
依照《企业所得税法》缴纳的企业所得税以人民币计算；所得以人民币以外的货币计算的，预缴企业所得税时，应当按照月度或者季度最后一日的人民币汇率中间价，折合成人民币计算应纳税所得额；年度终了汇算清缴时，对已经按照月度或者季度预缴税款的，不再重新折合计算，只就该纳税年度内未缴纳企业所得税的部分，按照纳税年度最后一日的人民币汇率中间价，折合成人民币计算应纳税所得额。
预缴申报资料要齐全
企业应当自月份或者季度终了之日起15日内，向主管税务机关报送《预缴企业所得税纳税申报表》预缴税款。
企业在报送《企业所得税纳税申报表》时，应当按照规定附送《财务会计报告》和其他有关资料。同时，企业在纳税年度内无论盈利或者亏损，都应当依照《企业所得税法》第五十四条规定的期限，向主管税务机关报送《预缴企业所得税纳税申报表》、《年度企业所得税纳税申报表》、《财务会计报告》和税务机关规定应当报送的其他有关资料。
这里需要提醒注意的是，企业所得税年度预缴税款占当年企业所得税入库税款（预缴数+汇算清缴数）应不少于70%。
房地产企业应注意未完工开发产品的预缴计算方法
房地产开发企业销售未完工开发产品取得的收入，应先按预计计税毛利率分季（或月）计算出预计毛利额，计入当期应纳税所得额，并填入《企业所得税预缴纳税申报表》“实际利润额”预缴企业所得税。
开发产品完工后，企业再及时结算其计税成本并计算此前销售收入的实际毛利额，同时将其实际毛利额与其对应的预计毛利额之间的差额，计入当年度企业本项目与其他项目合并计算的应纳税所得额。
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