自2009年下半年以来，税企之间围绕着建筑业企业所得税的纳税地点、管理方式、预缴征收率等事项纷争不断，今年国税函[2010]156号文件发布后，虽然解决了不少争议问题，但仍有一些执行问题让很多建筑业纳税人以及基层税务征管人员为之困惑。总结起来有以下七项争议还未彻底解决。
争议一；地方政府项目所在地征税的冲动与建筑企业汇总纳税的争议。
2009年以来，建筑业税企争议的主要源头是地方政府以国税发[2008]28号文件系列文件，特别是国税函[2009]221号文件的第一条第四款：“以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供有效证据证明其二级及二级以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》[国税发[2008]28号]的相关规定”为依据，向建筑业的分公司和项目部征收企业所得税。
2008年以前，跨地区经营的建筑企业所得税征收管理，执行《国家税务总局关于建筑安装企业所得税纳税地点问题的通知》[国税发[1995]227号]规定，开具外出经营活动税收管理证明，由所在地主管税务机关一并计征所得税。
总局所得税司2009年4月24日在国家税务总局网站上答网友提问时也强调在新规定没出台之前，此规定有继续执行。
建筑业与其他行业不同，流动性是它最大的特点，大中型建筑企业必须跨地区经营才能生存下去。而且工程施工必须要有一定资质，因此只能以总机构名义从事生产经营。建筑业税企争议，反映了以国税发[2008]28号为主导的总分机构系列文件存在局限性，不能有效解决建筑业跨地区经营税收问题。
建筑业纳税人是否一定要适用国税发[2008]28号]以及配套的相关文件如国税函[2009]221号呢？
解决此争议惟有釜底抽薪，规定建筑业企业不适用国税发[2008]28号、和国税函[2009]221号等等相关文件，代之在法人所得税的框架下，以国税发[1995]227号、国税函[2010]156号文件为基础，制定专门的《建筑业企业所得税管理办法》，以此来规范建筑业企业所得税的征缴工作。由此大多争议可迎刃而解。
争议二；《外出经营活动税收管理证明》由哪个税务机关出具的争议。
国税函[2009]156号文规定：跨地区经营的项目部[包括二级以下分支机构管理的项目部]应向项目所在地主管税务机关出具总机构所在地主管税务机关开具的《外出经营活动税收管理证明》[以下简称《外管证》].
而《税务登记管理办法》[国家税务总局令第7号]第三十二条“纳税人到外县[市]临时从事生产经营活动的，应当在外出生产经营以前，持税务登记证向主管税务机关申请开具《外出经营活动税收管理证明》”。
目前二级分支机构外出经营大都由分支机构主管税务机关出具《外管证》，营业税相关规定也是如此。今年开始，二级机构外出经营要在主管税务机关和总机构税务机关开出两个以上外管证[总机构国地税、二级机构国地税]，到项目所在地报验用哪个才行？到国税报验还是到地税报验？或两个税务局都要报验？
总机构、二级及以下分支机构、项目部以及三地的三至六个主管税务机关都很困惑。
解决此争议还应按照《税务登记管理办法》[国家税务总局令第7号]规定处理。《外管证》是属于《税务登记管理办法》[国家税务总局令第7号]规范的内容，其作用主要是解决纳税人到劳务发生地报验登记问题。二级机构外出经营被要求到总机构开具《外管证》实无必要。即使从方便纳税人的角度出发，也应执行《税务登记管理办法》[国家税务总局令第7号]关于《外管证》的规定。由二级机构及以下分支机构主管税务机关开出一个《外管证》，到项目所在地有税收管辖权的主管税务机关报验。
争议三；项目部按0.2%预分所得税，如数额较大，而总机构亏损，总机构税务机关不予退税争议。
既然规定了企业预分所得税，就应有畅通的退税渠道。目前形势下，向没有得到税收的总机构地方政府和主管税务机关申请退税，是不容易被总机构管理部门所能接受的。总机构退税往往被搁置。
对此问题，《安徽省国税局省地税局转发国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》皖国税发[2010]129号规定：“省内跨市、县经营建筑企业汇总计算的年度实际利润额为负数，但存在总机构直接管理的跨市、县设立的项目部预缴企业所得税款入库的，项目部所在地主管税务机关，应使用企业预缴税款的原预算科目和预算级次及时办理退税，或者经纳税人同意后抵缴其下一年度的预缴税款。”项目部征的税由项目部退税，这一规定比较合理，可以借鉴，也是未来解决此争议的途径。
争议四；项目部预分0.2%是多还是少的争议。
国税函[2010]156号文件规定：建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。大型建筑企业认为预缴的多，而地方政府认为征收的少。
预分所得税0.2%是与企业所得税法确定的法人所得税制原则相违背的，但此规定在一定程度上缓和了来自地方政府税源管理方面的压力，这是企业与地方政府博奕最好的结果。国家税务总局以国税函[2009]156号文件的形式发布实施，建筑企业和项目所在地税务机关都应执行这个规定。
争议五；二级及二级以下分支机构认定的争议。
国税函[2010]156号文件规定：建筑企业所属二级或二级以下分支机构直接管理的项目部[包括与项目部性质相同的工程指挥部、合同段等]不就地预缴企业所得税。是否认定为二级以下分支机构，税企之间经常为此争执。
为解决二级机构认定问题，国家税务总局已经在全国国地税征管系统正式应用了总分机构平台管理软件，这也是目前税务局征管软件的补充和完善。近日国家税务总局又一次强调了总分机构平台软件应用的重要性，目的就是解决总分机构的认定问题。以后分支机构只有录入到总分机构平台上才能被认定为合法，才能汇总到总机构缴税。
争议六；国税函[1995]227号、国税函[2010]39号文件执行时间的争议。
《国家税务总局关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》国税函39号文件出台后，其执行时间是税企之间、地区之间争议主要问题。
一些企业和地区理解为：2008年度及2009年度建筑企业跨地区经营的企业所得税征管问题，按照《国家税务总局关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》[国税函[2010]39号]的相关规定执行。
而2009年4月24日国家税务总局网站在线访谈中，
所得税司解释是：“建筑企业外出经营缴纳企业所得税问题比较复杂，在新企业所得税法框架下，我们正在对这一问题抓紧进行研究和明确。在新的征管规定正式出台之前，仍按照《国家税务总局关于建筑安装企业所得税纳税地点问题的通知》（国税发[1995]227号）执行”。
国税函[2010]39号文与国税发[1995]227号文件最大不同是不论项目部有无《外管证》，都要汇总到总机构纳税。以前按国税发[1995]227号文件规定对项目部征收的所得税被要求退还纳税人，这是项目地政府和主管税务机关很难接受的。况且国税函[2010]39号文件向前追溯两年，地方财政压力过大。
2008和2009年度，由于政策不明，企业已经在项目地缴纳了一定的所得税。为更好地解决争议，减少矛盾，允许在总机构抵扣全部或抵扣外地项目部收入对应的那一部分所得税，才是最符合实际的解决办法。这也是大多省市的做法。
争议七；建筑企业所得税大多实行核定征收，如有分包业务如何征税争议。
核定征收建筑企业发生分包业务，核定征收的计税收入如何确定？有的税务机关按全部收入计算，有的按扣除分包工程款后，以实际取得的收入额计算。
《中华人民共和国营业税暂行条例》[国务院令第540号]规定：纳税人将建筑工程分包给其他单位的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位的分包款后的余额为营业额；
企业会计核算上一般是将分包工程视为与本企业生产经营无关业务，通过往来科目核算，分包发生的收支均不计入本公司的收入和成本。核定征收所得税应以企业实际取得的，即扣除分包后的收入计算。
解决此争议，辽宁省地方税务局一个规定可做参考。《关于印发企业所得税若干业务问题的通知》辽地税发[2010]3号规定：核定征收企业取得的与生产经营无关的收入按此规定处理，“纳税人取得的非主营业务经营活动收入，扣除相关成本及税费后，其余额并入应纳税所得额，计征企业所得税。相关成本无法查实或核实的，按非主营业务经营活动收入乘以应税所得率后并入应纳税所得额，计征企业所得税”。
当前，建筑业所得税争议主要是由税源管理引发的，以对相关政策理解岐义为表象的综合性问题。国税函[2010]156号文件出台后，建筑企业、税务机关、地方政府暂时稳定了一下，随着对文件执行和理解的不断深入，税企之间都在挖掘对自己有利的条款和解释，一些地区相继出台有利于本地的解释和政策，建筑业所得税还存在争议扩大化的可能。我们期待建筑业税收政策继续完善。
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