根据财政部、国家税务总局《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）的规定，企业重组的税务处理区分不同条件，分别适用一般性税务处理规定和特殊性税务处理规定。由于特殊性税务处理暂时不需要缴纳企业所得税，不增加企业重组的税收负担，因此被纳税人称为企业重组的税收优惠。
企业重组的形式多种多样，仅财税[2009]59号文件就列举了6种基本形式，再加上重组过程比较复杂，各种方式下重组业务的纳税问题不能一概而论。比如股权收购重组方式，对被收购企业来说，实质就是股权转让，即使符合特殊重组的相关条件，在重组时暂时不缴纳企业所得税，但股权转让是否需要缴税，要根据实际情况来定，并不一定全部免税。本文以母公司转让控股子公司这种情形举例进行说明。
境内A公司2009年5月将其子公司B的80%股权转让给某上市公司C，C公司通过定向增发股票的形式取得上述股份。假设A公司原持有B公司80%的股权，转让前对B公司的长期股权投资账面价值是8000万元，评估价值是4亿元。B公司是2005年由A公司出资4000万元与另一家公司联合投资设立的，成立时公司股本是5000万元。2007年执行新《企业会计准则》之前，A公司按权益法核算对B公司的长期股权投资，截至2006年12月31日，对B公司的长期股权投资的账面价值为8000万元。2007年1月1日，A公司和B公司同时执行新《企业会计准则》，A公司对B公司的长期股权投资改按成本法核算，A公司对该项投资按原账面价值进行结转，至出售前账面价值未发生变化，2007年以后，B公司未进行利润分配。C公司通过定向增发，向A公司发行股票4000万股C股股票，增发价10元/股，从A公司处购买了B公司80%的股权。从上述过程可以看出，这属于股权收购式的重组，即C公司以本公司的股票作为支付对价，通过购买B公司的股权，以实现对B公司的控制，B公司由A公司的子公司变为C公司的子公司。
根据财税[2009]59号文件第五条的规定，企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定，具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例；企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动；重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例；企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。另外，财税[2009]59号文件第六条第二款规定，股权收购，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，可以选择按以下规定处理：被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定；收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定；收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础及其他相关所得税事项保持不变。
在本例中，收购企业C公司购买股权的比例超过被收购企业B公司全部股权的75%，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额为交易支付总额的100%，假设其他条件也满足，该重组为特殊重组，暂时不需要缴纳企业所得税，被收购企业B公司的股东A公司取得收购企业C公司股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础4000万元确定。收购企业C公司取得被收购企业B公司股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础4000万元确定。收购企业C公司、被收购企业B公司的原有各项资产和负债的计税基础及其他相关所得税事项保持不变。问题分析至此还没有结束，按特殊重组处理，A公司不能按市场价格确认收入，只能以账面价值8000万元转销对B公司的长期股权投资，同时确认对C公司的长期股权投资8000万元，投资收益为零。而转销价8000万元与原计税基础4000万元仍有一个差价，那么这个差价要不要缴税？若缴税，依据是什么？若不缴税，依据又是什么？如何进行账务处理？
对此，第一种观点认为，既然是特殊重组，就不确认所有股权转让所得，至于账务处理，可在当期会计报表附注中注明转让和取得的投资资产的计税基础。第二种观点认为，虽然是特殊重组，但实际已发生股权转让，并按账面价值进行结转，只要账面价值与原计税基础有差额，这部分增值已实现，就应确认所得，缴纳该部分已实现增值的所得税。交易双方按转出资产的账面价值重新确认取得投资资产的计税基础，也无需在当期会计报表附注中说明。
笔者倾向于第二种观点，理由如下：
《企业所得税法》第十四条规定，企业对外投资期间，投资资产的成本在计算应纳税所得额时不得扣除。《企业所得税法实施条例》第五十六条第三款规定，企业持有各项资产期间资产增值或者减值，除国务院财政、税务主管部门规定可以确认损益外，不得调整该资产的计税基础。由此可见，投资资产持有期间，其计税成本具有稳定性，一般等于初始投资成本，即遵循历史成本原则。A公司持有的对B公司的长期股权投资目前已转让，已不属于持有，还能保留原计税基础吗？对已转出的资产仍然按原有计税基础确定显然不合适，而且不利于以后的税收征管。
《企业所得税法实施条例》第二十五条规定，企业发生非货币性资产交换，以及将货物、财产、劳务用于捐赠、偿债、赞助、集资、广告、样品、职工福利或者利润分配等用途的，应当视同销售货物、转让财产或者提供劳务，但国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。国家税务总局《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号）第三条规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。股权收购式的特殊重组本质是非货币性资产交换，只是在特殊重组时不能按公允价值确认收入，只能按账面价值转销，类似不具有商业实质的非货币性资产交换，不确认收益，但是不管以什么价值确认，这部分转出的资产价值已实现，只要该价值与原计税基础不一致，这部分在特殊重组背景下实现的增值或者减值就应该缴纳企业所得税。
因此，假设上例中除此事项外，A公司当年的应纳税所得额为6000万元，适用所得税税率为25%，那么当年应缴企业所得税（6000＋8000－4000）×25%＝2500（万元），被收购企业B公司的股东A公司取得收购企业C公司股权的计税基础和收购企业C公司取得被收购企业B公司股权的计税基础应为8000万元。 |